复发/难治性B细胞淋巴瘤的CAR-T细胞治疗已成为临床突破性疗法，但疗效评估、预后预测、疾病进展鉴别仍是临床未被满足的核心需求：PET/CT 敏感性优异但特异性不足，易将免疫炎症等误判为肿瘤进展；组织活检有创且可及性差，同时受肿瘤异质性影响存在取样偏差；传统ctDNA检测依赖已知突变，流程繁琐、成本高，难以实现临床常态化动态监测。如何精准识别高危患者、精准预测疾病进展成为临床难题。
近日，郑州大学第一附属医院张旭东教授团队在国际期刊《iScience》发表单中心前瞻性研究成果《Longitudinal ctDNA Tracking by Low-Pass Whole-Genome Sequencing Predicts CAR-T Outcomes in B-Cell Lymphomas》。
研究采用低深度全基因组测序（LP-WGS）对11例接受CD19 CAR-T疗法的复发/难治性B细胞淋巴瘤患者，完成基线、输注后1月、3月的纵向ctDNA 动态监测。
研究表明，基线/输注后1月ctDNA 阳性（PRD⁺）、17p 缺失、拷贝数变异（CNV）负荷＞11为核心不良预后标志物；ctDNA 联合PET/CT可突破影像学特异性不足的局限，精准区分PET/CT阳性患者的风险层级；LP-WGS可作为CAR-T治疗疗效评估与预后预测的无创互补工具。
研究证实，基于低覆盖度全基因组测序（LP-WGS）的血浆ctDNA动态监测，在CAR-T治疗后疗效评估和风险分层方面，显著优于传统PET-CT成像。
研究设计与方法
研究对象：
本研究为单中心前瞻性观察性队列研究，纳入郑州大学第一附属医院 2023 年 6 月 —2024年5月接受 Axicabtagene ciloleucel (CD19 CAR‑T) 治疗的B细胞淋巴瘤患者，经严格筛选最终纳入11例患者。所有患者均接受环磷酰胺联合氟达拉滨的清淋预处理。
样本采集：
于清淋前 (基线)、CAR‑T 输注后1个月 (M1)、输注后3个月(M3) 采集外周血血浆样本，共33份样本完成检测。
检测技术：
采用低深度全基因组测序 (LP‑WGS)，基于超灵敏染色体非整倍体检测 (UCAD®) 流程分析ctDNA。
核心指标：
肿瘤分数 (TF)、外周残留病 (PRD)、染色体拷贝数变异 (CNV)。
临床终点：
总生存期 (OS)、无进展生存期 (PFS)、无事件生存期 (EFS)，依据 Lugano 标准进行PET/CT疗效评估。
患者基线特征
11例患者中位年龄55岁 (36‑74岁)，男性占45%；91% 为 Ⅲ‑Ⅳ期晚期疾病，27%伴骨髓受累；73% 患者既往接受2‑5线治疗，64%为复发/难治性疾病；中位随访时间15个月 (3‑20个月)。
表1.淋巴细胞清除时所有患者的基线特征（n=11）
图1.患者队列生存曲线：A）OS生存曲线；B)PFS生存曲线；C)EFS生存曲线
核心研究结果
1. ctDNA 动态变化与 CAR‑T 治疗疗效显著相关
所有33份样本均成功定量TF，基线、M1、M3中位TF分别为 0.154%、0.091%、0.114%，CAR‑T 输注后TF呈整体下降趋势。最终获得完全缓解 (CR) 的患者，基线TF水平显著低于未达 CR 患者 (P=0.045)。基线及M1时间点 PRD 阳性 (ctDNA 阳性) 患者，其 OS、PFS、EFS 均显著劣于 PRD 阴性患者 (P 均 < 0.05)。全程PRD 阴性患者中，78%在输注后1年维持持续缓解状态。
图2. 患者泳道图
图3.B)采用对数秩检验比较基线时PRD+与PRD-状态患者的OS曲线（P < 0.001）；C)采用对数秩检验比较基线时PRD+与PRD-状态患者的PFS曲线 (P = 0.042)；D)采用对数秩检验比较基线时PRD+与PRD-状态患者的EFS曲线（P = 0.015）；E)采用对数秩检验比较M1时PRD+与PRD--状态患者的OS曲线（P < 0.001）；F)采用对数秩检验比较M1时PRD+与PRD--状态患者的PFS曲线（P =0.042）；G)采用对数秩检验比较M1时PRD+与PRD--状态患者的EFS曲线（P = 0.015）。
2. ctDNA 联合 PET/CT 优化风险分层，弥补影像学局限
PET/CT 阳性定义为 Deauville 评分≥4 分，将患者分为 PET/CT⁺/PRD⁺、PET/CT⁺/PRD⁻、PET/CT⁻/PRD⁺、PET/CT⁻/PRD⁻四组。PET/CT⁺/PRD⁺患者OS显著差于其余三组 (P<0.001)，可精准区分 PET/CT 阳性患者中的高危亚群。临床案例证实，PET/CT 提示疾病进展 (PD) 而 PRD 持续阴性患者，术后病理仅见炎症改变，确认为假进展，ctDNA 可有效鉴别真进展与假进展。
图4.A)基线PRD状态、PET结果的OS生存曲线（P＜0.001）；B)基线PRD状态、PET结果的PFS生存曲线（P=0.033）；C)基线PRD状态、PET结果的EFS生存曲线（P=0.006）；D)基线PET/CT联合PRD状态分层的OS生存曲线（P＜0.001）；E）M1时PET/CT联合PRD状态分层的OS生存曲线（P＜0.001）；F)M3时PET/CT联合PRD状态分层的OS生存曲线（P＜0.001）；G)基线PET/CT联合PRD状态分层的PFS生存曲线（P =0.09）；H)M1时联合PET/CT联合PRD状态分层的PFS生存曲线（P=0.051）；I）M3时PET/CT联合PRD状态分层的PFS生存曲线（P=0.013）；J）患者7中CAR-T细胞纵向扩增情况（蓝色）与转录因子（TF）值（橙色），同时包括输注前及随访时间点的PET/CT影像资料。
3. 基因组 CNV 特征独立提示不良预后
基线 82% 患者存在异常 CNV，45% 为复杂 CNV (≥3 种染色体异常)，复杂 CNV 患者中位 PFS 仅 2 个月 (P=0.007)。17p 缺失发生率 64%，该异常与患者 OS 显著恶化相关 (P=0.008)。CNV 数量 > 11 的患者，生存结局显著差于 CNV 数量≤11 的患者 (P=0.044)。
图5.A)11例患者中按输注后PD状态分层的CNVs热图，热图上方的四名患者在输注后表现出PD，蓝色表示缺失，红色表示扩增；B)基线期复杂型与非复杂型CNVs患者之间PFS曲线(P=0.007)；C) M1复杂型与非复杂型CNVs患者之间PFS曲线(P=0.030);D）伴或不伴17p缺失患者的OS曲线（P=0.008）；E）存在或不存在高CNVs负荷（>11个CNV）患者的OS曲线（P=0.044）。
研究结论
低深度全基因组测序 (LP‑WGS) 可作为B细胞淋巴瘤CAR‑T治疗中ctDNA 纵向监测的可行技术手段，可有效评估治疗反应并预测生存结局。基线及CAR‑T 输注后1个月ctDNA 阳性 (PRD⁺) 是独立不良预后标志物。ctDNA 联合 PET/CT可提升风险分层精准性，解决 PET/CT 特异性不足、无法鉴别假进展的临床痛点。17p 缺失、高CNV负荷(>11)、复杂CNV为B细胞淋巴瘤CAR‑T 治疗的不良基因组标志物。
研究展望
本研究为单中心队列研究，样本量有限，后续需开展多中心、大样本前瞻性研究验证结论；同时需进一步明确 ctDNA 检测阈值标准化，优化监测时间窗，推动 LP‑WGS技术成为淋巴瘤CAR‑T治疗临床常规分子监测工具。
